合资经营企业与合作经营企业的区别，主要在于以下几个方面：

一、合作的性质
合资经营企业：股权式合资
合作经营企业：契约式合作

二、企业组织形式
合资经营企业：有限责任公司，具有法人资格；
合作经营企业：形式多样化，可以法人企业，也可以是非法人企业

三、注册资本
合资经营企业：外方出资比例一般不得低于注册资本25%
合作经营企业：外国合营者的投资比例一般不低于25%，特殊情况需要低于该比例的（如设立新技术产业的合资企业）须报国务院审批。

四、利润分配、亏损分担不同
合资经营企业：按出资比例分配利润，承担亏损。
合作经营企业：按合同约定，换言之，合作企业合同时成立的基本依据，合营各方的权利义务不是取决于投资的比例与股份，而是根据约定。

五、企业治理
合资经营企业：建立由董事会和经理组成的组织机构，实行规范化的企业内部治理。
合作经营企业：组织机构与管理方式具有灵活多样的特征，既可以是董事会制，也可以是联合管理委员会制，也可以是委托第三方管理。

六、回收投资
合资经营企业：不允许提前收回投资
合作经营企业：一般采取先让外方先行回收投资的做法，外方承担的风险相对较少，但合作期满，企业的资产均归中方所有。